Auf Anregung des Peterskloster zu Erfurt wurde um 1100 mit dem Bau der Kapelle begonnen. Eine erste urkundliche Erwähnung erfolgte 1267 im Zusammenhang mit dem Verkauf von Land an das Martinshospital der Stadt Erfurt.

In den Jahren 1300 bis 1350 wurden Schloßvippach und somit auch die St. Petri-Kapelle durch kriegerische Auseinandersetzungen zwischen rivalisierenden Grafen beschädigt bzw. zerstört.

Ab 1350 haben die Brüder des Geschlechts der „von Vippach“ damit begonnen, die Kapelle wiederaufzubauen. Sie war bis 1449 die Hauptkirche von Schloßvippach. Die in diesem Zusammenhang gestiftete Bronzeglocke ist bis heute vorhanden und dürfte somit eine der ältesten Glocken in Thüringen sein.

Schwer beschädigt wurde die Kapelle im 30jährigen Krieg. Der verbliebene Turm mit dem achteckigen Dachreiter wurde erhalten und restauriert. Ein weiterer Aufbau erfolgte nicht mehr, da inzwischen mit der St. Vitus Kirche eine größere Kirche in Schloßvippach vorhanden war.