Der Anatomieturm ist der südwestliche Eckpunkt der mittelalterlichen Stadtbefestigung. Er wurde im 13. Jahrhundert errichtet und im 18. Jahrhundert mit einem achteckigen Aufbau, hohen Fenstern und Zeltdach versehen.

Der Rundturm ist ein bedeutendes Bauwerk der Jenaer Stadt- und Medizingeschichte. Hier fanden zu medizinischen Lehr- und Wissenschaftszwecken präparatorische Demonstrationen statt, vor allem für Medizinstudenten. Außerdem sollen Johann Wolfgang Goethe und Justus Christian Loder hier auch den Zwischenkieferknochen entdeckt haben. In Goethes Auftrag sollte aus dem Bauwerk ein anatomischer Hörsaal gebaut werden, was jedoch 1860 abgebrochen wurde – seitdem ist der Turm eine Ruine.

Die Turmruine mit Glasdach wurde 2016 aufwendig saniert und ist von außen frei zu besichtigen.