Im Jahr 1923 gründeten engagierte Bürger ein Münnerstädter Ortsmuseum. Es fand Platz in zwei Räumen des Rathauses und präsentierte Exponate aus der Historie der Stadt. In den 1960er-Jahren wuchs die Sammlung derart an, dass der vorhandene Platz nicht mehr ausreichte. So fand das Museum sein heutiges Domizil im Deutschordensschloss. In diesem Zuge erhielt es seinen Namen Henneberg-Museum, der an die Grafen von Henneberg erinnert. Diese hatten Münnerstadt im 13. Jahrhundert zur Stadt gemacht und die Herrschaft über den Ort bis 1585 zumindest teilweise inne.
Nach der 2004 abgeschlossenen Generalsanierung des Deutschordensschlosses wurde die Ausstellung komplett neu konzipiert, wobei man sich vom traditionellen Bild eines Heimatmuseums entfernte löste. Die vielgelobte Präsentation ist modern gestaltet und bildet dadurch einen reizvollen Kontrast zu den historischen Räumlichkeiten. Unter dem Motto RhönerLand und MünnerStadt wird nur noch ein kleiner Teil der Sammlungsbestände gezeigt, um den Besuchern damit in didaktischer Aufbereitung die spezifische Kultur der Rhön und die wechselvolle Geschichte Münnerstadts nahezubringen. Der Rundgang nimmt nahezu das gesamte erste Obergeschoss des Gebäudes mit einer Fläche von an die 600 qm ein.
Thematisiert werden etwa die Lebensbedingungen in der Rhön, die Blüte Münnerstadts im Spätmittelalter unter der Herrschaft der Grafen von Henneberg, die Bedeutung des Handwerks und der Zünfte, die Reformation und den 30-jährigen Krieg, von dem bis heute alljährlich das weithin bekannte Münnerstädter Heimatspiel erzählt, das Leben in der „Schul- und Ämterstadt“ des 19. Jahrhunderts, die Auswirkungen der historischen Ereignisse des 20. Jahrhunderts in Münnerstadt und vieles mehr. Highlights für viele Besucher sind eine komplette Apothekeneinrichtung des 19. Jahrhunderts und ein Drogerie-Laden aus dem frühen 20. Jahrhundert.
Ergänzt wird diese ständige Präsentation durch Sonderausstellungen, die einzelne Aspekte der Kulturgeschichte näher beleuchten. Sie werden hauptsächlich aus den umfangreichen Magazinbeständen des Museums bestückt und mit Leihgaben ergänzt. In weiteren Räumen im Erdgeschoss, die direkt vom Innenhof aus zugänglich sind, werden zudem regelmäßig Ausstellungen zeitgenössischer Kunst, vornehmlich regionaler Künstlerinnen und Künstler
gezeigt.