Die Friedenskirche, ursprünglich als Johann-Georgs-Kirche nach Herzog Johann Georg II. von Sachsen-Eisenach benannt, wurde 1686–93 von Johann Heinrich Gengenbach unter Mitarbeit von Johann Leonhard Reinhold auf dem Johannisfriedhof als neue Friedhofskirche erbaut. Bis 1691 hatte Johann Mützel die Bauleitung. Die Kirche wurde am 16. Juli 1693 eingeweiht. 1743 wurde sie der Jenaer Garnisonsgemeinde zugewiesen. Seither wurde sie als Garnisonskirche bezeichnet. 1946 wurde sie in Friedenskirche umbenannt.