Das Erfurter Schottenkloster und die dazu gehörige Schottenkirche sind ursprünglich Gründungen irischer Benediktinermönche aus dem Jahr 1136. Im frühen 16. Jahrhundert wurden sie dann von den Schotten verdrängt, die bis heute für Kloster und Kirche namensgebend sind. Neben ihren religiösen Aufgaben widmeten sie sich auch den Wissenschaften, lehrten an der Erfurter Universität und bekleideten hohe akademische Ämter.

Das Schottenkloster wurde im Jahr 1820 säkularisiert. Schon bald darauf erfolgte auch der Abbruch, von dem nur die Kirche verschont blieb.

Der 1136 gestiftete, 1140 begonnene und im Jahr 1200 fertiggestellte dreischiffige romanische Erstlingsbau der Schottenkirche ist nach Zerfall, Wiederaufbau und Restaurierung in seiner ursprünglichen Form heute nicht mehr erhalten. Schon im frühen 13. Jahrhundert wurde das zerstörte westliche romanische Langhausjoch durch frühgotische Arkaden ersetzt. Der gleichfalls gotische Chorraum entstand nach dem zweiten Kirchenbrand 1472.

Im 18. Jahrhundert kam es zu größeren Renovierungs- und Erweiterungsbauten. Hierzu gehört die Auswechslung des massiven Gewölbes wegen auftretender Mängel im Mauerwerk gegen ein hölzernes Scheingewölbe. Aus der gleichen Zeit stammen auch die Fenstervergrößerungen im Obergaden und in den Seitenschiffen. 1727 wurde die barocke Westfassade errichtet. Am 24. August 1729 fand schließlich durch Weihbischof Christoph Ignatius von Gudenus die feierliche Kirchweihe statt.

1944 und 1945 richteten Granateinschläge, Brandbomben und Luftminen starke Beschädigungen an der Kirche an. Sie zerstörten auch die Orgel, die 1958 durch einen Neubau ersetzt wurde. 1956 bis 1966 und noch einmal 1979 wurden an Kirche und Turm umfassende Restaurierungsmaßnahmen vorgenommen. Trotz allem ist die frühere Klosterkirche noch heute als im Ursprung dreischiffige romanische Basilika erkennbar.