Die Kirche St. Johannis befindet sich im Mühlhäuser Ortsteil Seebach und hat als Namenspatron den Evangelisten Johannes. Die im romanischen Stil errichtete Kirche wurde 1123 erstmals urkundlich erwähnt. Das Gotteshaus wurde zwischen 1250 und 1260 im frühgotischen Stil umgebaut. Der aufgestockte Fachwerkturm ist aus dem 18. Jahrhundert. Die barocke Altarwand ist um 1701 von einem unbekannten Meister mit Steinreliefs, Motivtafeln und Ölgemälden aus dem 16. und 17. Jahrhundert gestaltet worden. Sie stellen Mitglieder der Familie Berlepsch und den Gründer der Vogelwarte dar. Das Geläut besteht aus drei Glocken. Die Orgel ist von Wilhelm Rühlmann.

Die Kirche ist evangelisch und wird vom Kirchenkreis Mühlhausen betreut. Hier finden regelmäßig Gottesdienste statt.