Ein Stadtbrand im Jahr 1581 vernichtete die ursprüngliche Bonifatiuskirche. Auf ihren Grundmauern wurde die „Neue Kirche“ als barocker Saalbau errichtet. Orgelbaumeister Johann Friedrich Wender aus Mühlhausen erbaute 1703 eine Orgel für die Neue Kirche. Der 18-jährige J. S. Bach nahm die Orgel ab und prüfte sie. Dabei überzeugte Bach mit seinem Spiel so sehr, dass er in Arnstadt seine erste Anstellung als Organist erhielt.

Heute beherbergt die Bachkirche zwei Instrumente. Unterhalb der barocken Wenderorgel befindet sich eine romantische Steinmeyerorgel aus dem Jahr 1913.