Am westlichen Stadtrand von Mühlhausen unmittelbar an der Bundesstraße 249 befindet sich der Ortsteil Pfafferode. Er liegt am nordöstlichen Fuß des Hainich am Übergang ins Unstruttal, südwestlich schließt sich der Mühlhäuser Stadtwald an. Der Ort ist eng mit dem Ökumenischen Hainich Klinikum verbunden.

Sehenswert ist Pfarrkirche St. Michael, die auch als Klinikkirche agiert. Die weitläufige Parkanlage des Klinikgeländes ist gepflegt und besticht durch einen alten Baumbestand.

Ein lokaler Wanderweg am nördlichen Ortsrand führt über Peterhof zum Mühlhäuser Stadtwald, indem vielfältige Wanderwege zur Verfügung stehen.