Das im Jahre 1417 erstmals urkundlich „Merla“ genannte Dorf liegt in einer Talsohle zwischen dem Waldgebiet Hain und dem Pörzberg nordwestlich des Stadtkernes. Weitere Nennungen: 1446 Merle, 1462 Merla. Der Name soll vom althochdeutschen „Sumpf, Moor“ abgeleitet sein. Von 1615 bis 1620 gehörte Mörla mit der Herrschaft Oberkranichfeld zu Sachsen-Weimar. Die Schwarzburger behielten den Ort bis 1663, dann kaufte ihn der Herzog von Sachsen-Weimar wieder zurück. 1825 kam Mörla endgültig zu Schwarzburg-Rudolstadt. Das kleine Straßenangerdorf hatte von jeher enge Beziehungen zur Stadt. Der Ort war zur Stadtkirche eingepfarrt und die Kinder gingen in Rudolstadt zur Schule. Erst seit 1862 können die Mörlaer ihre Verstorbenen im Dorf bestatten, vorher gab es keinen Friedhof. Die Dorfkirche ist 1794 entstanden. Bis dahin waren in einer Kapelle lediglich Betstunden abgehalten worden.

Seit Anfang des 16. Jahrhunderts wird von einer Mörlaer Quelle Wasser zum Schloss Heidecksburg geleitet. Das Reinigen des Quellteiches war mit einem Brunnenfest verbunden, das heute noch als Butzelmannfest jeweils am Pfingstmontag gefeiert wird. Die Mörlaer Bewohner ernährten sich in der Hauptsache von der Landwirtschaft. Schon um die Wende zum 20. Jahrhundert waren einige Einwohner in Rudolstädter Betrieben tätig. Die Eingemeindung Mörlas nach Rudolstadt erfolgte am 1. Juli 1950. Durch die Erschließung und Bebauung der Hänge zwischen Mörla und Rudolstadt als Wohngebiet ist das Dörfchen nun auch räumlich mit der Stadt verbunden.