Im Jahr 1282 wurde die alte Thomaskirche erstmals schriftlich in einer Urkunde erwähnt und vermutlich in der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts im Stil der Gotik neu erbaut. Sie befindet sich in einer Parkanlage an der Schillerstraße. 1689 spielten für kurze Zeit Johann Christoph Bach, Johann Sebastians ältester Bruder, sowie zwischen 1702 und 1707 Johann Gottfried Walther, ein Cousin von Johann Sebastian Bach, als Organisten in der alten Thomaskirche.

Am Karsamstag, dem 31. März 1945, wurde diese Kirche durch Bomben bis auf die Außenmauern und den Turm zerstört. Sofort nach Beendigung des Krieges begann die Gemeinde mit dem Neuaufbau. So konnte 1950 die wiederhergestellte Thomaskirche feierlich eingeweiht werden. Sie ist Erfurts einzige neugotische Stadtkirche. Durch den Flügelaltar aus dem 15. Jh. als kostbarstes Ausstattungsstück und die hervorragende Akustik zählt sie zu den kulturhistorisch besonders interessanten Baudenkmälern der Stadt.