Das genaue Alter der Mühle ist nicht bekannt. Wahrscheinlich existierte sie bereits im 13. Jahrhundert. Über einen langen Zeitraum hinweg war die Familie Naupold im Besitz der Mühle – daher der Name Naupoldsmühle. Um 1900 erfolgte die Einrichtung als Ausflugsgaststätte. Seit den 1960er-Jahren wurde in der Naupoldsmühle ein Kinderferienlager und Betriebsferienheim betrieben. 1993 erfolgte der Eigentümerwechsel zu einem Privatunternehmer, der die Naupoldsmühle zu einer Pension mit Gaststätte umbaute.