Die Klinikkirche St. Michael, auch Michaelis Kirche, befindet sich im Mühlhäuser Ortsteil Pfafferode. Sie wird von beiden Konfessionen, also ökumenisch, für Gottesdienste genutzt. Die Kirche ist im sogenannten Pflegerdorf auf dem Gelände des Ökumenischen Hainich-Klinikums integriert. Ihre Inneneinrichtung ist relativ schlicht. Die ökumenische Kirche wurde am 9. September 1917 feierlich geweiht. Für persönliche Andachten ist die Kirche für Gäste und Patienten der Klinik geöffnet. Abwechselnd finden evangelische und katholische Gottesdienste in der Kirche statt.