Nach archäologischem Befund reichen die Anfänge der Kilianikirche bis in die Zeit um 1000 zurück. Ihr Umfeld markiert einen der ältesten Siedlungskerne jenseits der Königspfalz, aus denen im 12. Jh. die Stadt Mühlhausen zusammenwuchsen. Bis mindestens ins 13. Jh. war eine Linde nahe der Kirche Ort des Heimbürgengerichts, das über Streitfälle der Landwirtschaft treibenden Bürger entschied. Die mehrfach umgebaute Kirche wurde als letzte der Innenstadtkirchen saniert und dient seit 2006 als Theaterspielstätte.