Bothenheilingen liegt etwa zwölf Kilometer östlich der Kreisstadt Mühlhausen. Der Ort gehört zur Gruppe der einst neun Heilingen-Orte um die Heilinger Höhen am Nordwestrand des Thüringer Beckens.

Bothenheilingen findet man in Archivunterlagen bereits im Jahre 800 als Budenheilingen. Der Ort wird 1142 zum ersten Mal in einer Schenkung erwähnt. Das Dorf Bothenheilingen gehörte im 14. Jahrhundert den Herren von Ebeleben, welche dieses als Lehen vom Landgrafen von Thüringen innehatten.

Ein Relikt der geschichtlichen Entwicklung des Ortes Bothenheilingen ist das Rittergut, auch als Freigut bezeichnet. Das Rittergut hatte in seiner langen Geschichte seines Bestandes wechselnde Besitzer und die Bausubstanz erfuhr immer wieder entsprechend der Zeitepochen Veränderungen. Dies trug im Wesentlichen dazu bei, dass dieses historische Objekt über viele Jahre in seiner Komplexität erhalten wurde. Heute steht es als eines der ältesten historischen Gebäude im Ort.