Das von Ernst Haeckel begründete Phyletische Museum ist eine weltweit einzigartige Institution. Von Anbeginn ist es nicht nur ein naturkundliches Museum, sondern vor allem eine Stätte, an der die Entwicklung des Lebens dem allgemeinen Verständnis näher gebracht werden soll. Die Darstellung von Phylogenese (Stammesgeschichte) und Evolutionstheorie ist bis heute zusammen mit der Begegnung von Kunst und Natur das Hauptanliegen des Museums.

Das Jugendstil-Gebäude, das selbst ein Kulturdenkmal ist, trägt im Giebelfeld die von Haeckel in Jena geprägten Begriffe „Phylogenie“ und „Ontogenie“. Das Phyletische Museum wurde aus Stiftungsgeldern errichtet, die Grundsteinlegung war an Goethes Geburtstag 1907 und am 30.7.1908 schenkte Haeckel das Gebäude der Universität anlässlich deren 350-jährigem Bestehen.

Heute ist das Museum Teil des Institutes für Spezielle Zoologie und Evolutionsbiologie der Universität Jena. Es beherbergt umfangreiche zoologisch-paläontologische Sammlungen mit über 500.000 Stücken. Die Sammlungsgeschichte geht bis in das 18. Jahrhundert zurück. Aus der Zeit als Goethe Leiter der anatomisch-zoologischen Sammlung war, finden sich heute noch originale Stücke.

Das Phyletische Museum zählt jährlich über 300 Schulklassen und 20.000 Besucher. Dank der Unterstützung vieler Förderer konnten seit 1995 neunzehn Sonderausstellungen präsentiert werden.