Ursprünglich als Pfarrei angelegt, geht die Geschichte von St. Michael bis in das Jahr 1282 zurück, wo erstmals ein Pfarrer erwähnt wurde. Bis 1525 gehörte die Kirche zu einem Zisterzienserinnen-Kloster. Während der Reformation erfolgte die Auflösung des Klosters.

Die Reformation hatte für Jena und Umgebung eine entscheidende Bedeutung. Martin Luther predigte mehrfach in der Stadtkirche. Er disputierte in Jena (Hotel Schwarzer Bär) und in der Umgebung oft mit Studenten, Freunden und Kritikern.
Die spätgotische Hallenkirche mit beeindruckender Schaufassade birgt im Innern eine gotische Steinkanzel, von der Luther predigte, sowie die originale Grabplatte des Reformators, die 1549 vom Erfurter Glockengießer Heinrich Ziegler nach einer Bildvorlage von Lucas Cranach d. Ä. gefertigt wurde.