Allendorf ist eine Gemeinde im Landkreis Saalfeld-Rudolstadt in Thüringen.

Das Dorf wurde 1196–1210 oder 1221 erstmals urkundlich erwähnt.

Unweit nördlich des Ortes liegt der Heilige Berg. Nördlich unterhalb des Gipfels befindet sich die Bärenhöhle, in der Knochen von Hirschen, Wildpferden und Wildkatzen gefunden wurden. Bis 1918 gehörte der Ort zur Oberherrschaft des Fürstentums Schwarzburg-Rudolstadt.

Im Dorf gab es ein Rittergut mit 100 ha Wirtschaftsfläche, das 1923 von Walter Oertel gepachtet war. Nach dem Zweiten Weltkrieg unterlag der Betrieb der Entwicklung der Landwirtschaft in der DDR.

Seit 1993 gehörte Allendorf der Verwaltungsgemeinschaft Mittleres Schwarzatal an. Nach deren Auflösung zum 1. Januar 2019 ist Königsee erfüllende Gemeinde für Allendorf.