Berlingerode befindet sich ungefähr 11 Kilometer nordöstlich von Heilbad Heiligenstadt und 5 Kilometer südwestlich von Duderstadt im Untereichsfeld. Die Gemarkung liegt am südlichen Rand des Eichsfelder Beckens und am Fusse des Steilhanges des Zehnsberges. Eingerahmt wird die Ortslage vom Hungerberg (349 m) im Westen, dem Rotenberg (407 m) im Südwesten, dem Bodenberg (397 m) im Süden und dem Eichberg (316 m) im Osten. Durch den Ort fließt der Finkgraben, ein Nebenarm des Eichbaches, der in Teistungen in die Hahle mündet.

Nachbarorte von Berlingerode sind Teistungen im Nordosten, Hundeshagen im Südosten, Reinholterode im Südwesten, Neuendorf im Westen und Bleckenrode im Nordwesten. Verkehrsmäßig erschlossen wird der Ort durch die Landesstraßen L 1009 und L 2015. Unweit nördlich verlief die ehemalige Innerdeutschen Grenze und heutige thüringisch-niedersächsische Landesgrenze.

Berlingerode wurde am 5. Dezember 1266 erstmals urkundlich erwähnt. In seiner Gemarkung befand sich auf einem Bergsporn die Alte Burg oder Burg Westernhagen. Sie wurde im Bauernkrieg völlig zerstört und abgetragen. Berlingerode gehörte bis zur Säkularisation 1802 zu Kurmainz. 1802 bis 1807 wurde der Ort preußisch und kam dann zum Königreich Westphalen. Ab 1815 war er Teil der preußischen Provinz Sachsen (Kreis Worbis).

Berlingerode wurde am 9. April 1945 durch US-Armee besetzt. Vorausgegangen war Artilleriebeschuss mit zwei Ziviltoten, Beschädigung der Kirche und zahlreicher Wohngebäude.

Ab Juli 1945 bis 1949 gehörte der Ort zur sowjetischen Besatzungszone SBZ und wurde ab 1949 Teil der DDR. Von 1961 bis zur Wende und Wiedervereinigung 1989/1990 wurde Berlingerode von der Sperrung der nahen innerdeutschen Grenze beeinträchtigt. Seit 1990 gehört der Ort zum wieder gegründeten Bundesland Thüringen. Im Jahr 1996 wurde das neu erbaute Dorfgemeinschaftshaus und die Räume der Freiwilligen Feuerwehr eröffnet.

Um die Jahrtausendwende wurde mit der Ansiedlung von Großunternehmen die wirtschaftlichen Weichen für die Zukunft gestellt.

Im Jahr 2016 hatte die Gemeinde Berlingerode ihr großes Jubiläum. In diesem und dem folgenden Jahr 2017 beging die Gemeinde die 750-Jahr-Feier mit diversen Veranstaltungen.