Schon im Jahre 1586 wurde in Jena ein kleiner „Medizingarten“ (Hortus Medicus) gegründet, der später in den „Hortus Botanicus“ überging. Die neuzeitliche Entwicklung ist aber vor allem mit dem Namen Johann Wolfgang von Goethe eng verbunden. Noch heute erinnert ein mächtiger, alter Ginkgobaum an diese Epoche des botanischen Gartens. Auf 4,5 ha Grundfläche werden in Frei- und Gewächshausanlagen ca. 10.000 Pflanzenarten aus wichtigen Vegetationseinheiten der Erde kultiviert und ästhetisch wirksam demonstriert. In den Freianlagen findet man u. a. ein Arboretum mit ca. 900 Laub- und Nadelgehölzarten, ein Alpinum mit ca. 2500 Arten und auch einen kleinen Hügel, der Vertreter der artenreichen Jenenser Kalkflora beherbergt. In den Gewächshäusern gibt es die Vielfalt der Farben, Formen und Düfte der tropischen bis subtropischen Pflanzenwelt zu bewundern.

Die Gewächshäuser sind untergliedert: in ein Kakteen- und Sukkulentenhaus, in ein Hartlaub- und Lorbeerwald-Haus, in ein kombiniertes Palmen- und Tropenhaus, in ein kleines Aquarium- und Paludarienhaus und schließlich in ein Victoriahaus mit der Amazonas-Riesenseerose (Victoria) mit ihren ungewöhnlich großen Blättern. Der botanische Garten in Jena liegt im Zentrum der Stadt und ist eine Einrichtung der Friedrich-Schiller-Universität. Er gehört zum Institut für Spezielle Botanik.