Die Kirche St. Nikolaus befindet sich im Mühlhäuser Ortsteil Windeberg. Das Kirchengebäude stammt aus dem Jahr 1802. Der Turm der Kirche ist jedoch älter. Eine Glocke aus der 1568 abgebrochenen Kirche in Weida/Wieda wurde im Windeberger Kirchturm aufgehängt. Jedoch fiel Sie zusammen mit der Kirche einem Brand im Jahr 1750 zum Opfer. Nach diesem Unglück wurden im Jahr 1751 in Erfurt bei Nicolaus Jonas Sorber zwei neue Glocken mit Durchmessern von 1,01 und 0,81 m für die Kirche gegossen. Ein Ehrenmal auf dem Kirchhof erinnert an die Opfer beider Weltkriege. 

Die Kirche ist evangelisch und wird vom Kirchenkreis Mühlhausen betreut. Hier finden regelmäßig Gottesdienste statt.