Im Jahre 788 übereignen die Mattonen dem Kloster zu Fulda wesentliche Teile ihres Erbes, darunter Besitz „im Gau Grabfeld im Dorf, das Wenkheim genannt wird“. Etwa zur gleichen Zeit übergeben Matto und seine Schwester Kirche, Klösterchen und stattliche Grundherrschaft (mit 62 Unfreien) in der Wenkheimer Mark dem Fuldaer Kloster. Wo das Klösterchen Wenkheim einst stand, ist heute nicht feststellbar. Schon Jahrtausende vor Christi Geburt lebten Siedler im Einzugsbereich der Wannig. Die von ihnen geschaffenen Rodungsinseln im bewaldeten Gebiet bilden um 800 die Streusiedlung der „Uuangheimero marcu“, der Wenkheimer Mark, aus der im Laufe der Zeit mehrere Siedlungsschwerpunkte entstehen. Spätestens im 13. Jahrhundert wird zwischen den Dörfern Kleinwenkheim ( Weynckheim minor) und Großwenkheim (Maiori Weinghem) unterschieden, die Gemarkungen sind klar abgegrenzt. Die Entwicklung von Kleinwenkheim wird maßgeblich von zwei äußeren Ereignissen bestimmt. Pfalzgraf Hermann von Stahleck gründet 1156/1157 auf seinem Eigengut, dem erstmals um 1140 als „Bilihildehuse“ belegten Ort, das Zisterzienserkloster Maria Bildhausen nördlich von Kleinwenkheim. Um 1180 wird Kleinwenkheim kirchlich der zu Bildhausen gehörenden Mutterpfarrei Wermerichshausen zugeordnet, die später an ein Stift in Aschaffenburg vertauscht wird. Grundherr über „die 17 Höf“ ist noch immer das Kloster in Fulda, Lehensherr der Henneberger Graf Otto von Botenlauben. Dieser tauscht eigenen Besitz gegen Kleinwenkheim ein und schenkt 1219 das Dorf Kleinwenkheim dem Kloster Maria Bildhausen. Die Pfarrer von Wermerichshausen und das Kloster Maria Bildhausen bestimmen das Leben im Dorf. 1525 gehören auch Kleinwenkheimer Bauern zum Bildhäuser Haufen, der das Kloster einnimmt. Der Aufstand endet blutig, Kleinwenkheim bleibt bis zur Säkularisation 1803 ein Klosterdorf. Ende des 16. Jahrhunderts ist das alte Kirchlein außerhalb des Dorfes im feuchten Grund der Wannig sehr baufällig. 1588/89 errichten die Kleinwenkheimer mit den Steinen der alten eine neue Kirche am nördlichen Ortsrand, die erst 1615 geweiht wird. Ab 1618 verwüstet der große „Teutsche Krieg“ Abtei und Dorf. Die folgende Blütezeit des mächtigen Klosters mit der prunkvollen Kirche beendet Napoleon. 1803 wird die Abtei aufgelöst, die Mönche werden vertrieben. Die um 1180 errichtete Kirche und andere Bauten werden abgerissen, die gesamte Klosteranlage verkauft. Zwei der herrlichen Altäre gelangen nach Kleinwenkheim. Sie sind heute ein wertvoller Schatz in der mehrfach erweiterten und umgestalteten St.- Nikolaus-Kirche des Dorfes. Kleinwenkheim gehört ab 1814 wie ganz Franken zum Königreich Bayern. Es wird 1803 mit anderen Gemeinden dem Landgericht Münnerstadt zugeschlagen, 1862 dem Bezirksamt Bad Kissingen. Mit dem Erbe des in Kleinwenkheim geborene Geistl. Rat Dr. Severin Illig kann 1871 die Pfarrei Kleinwenkheim errichtet werden. 1951 werden Maria Bildhausen und Rindhof nach Kleinwenkheim eingemeindet. Ein weithin bekannter Betrieb schafft neue Arbeitsplätze. Ab 1966 erfolgt der Anschluss an die Wasserversorgung Münnerstadt. 1971 beschließt der Gemeinderat unter Bürgermeister Markus Glückert einstimmig die Eingliederung Kleinwenkheims nach Münnerstadt. Die Bürger folgen in geheimer Abstimmung mit überragender Mehrheit diesem Beschluss. Seit dem 1.1.1972 ist Kleinwenkheim ein Stadtteil von Münnerstadt. Kanal und Straßen werden gebaut, das Dorf an den Abwasserzweckverband „Obere Lauer“ angeschlossen, der Friedhof gestaltet, ein Vereinsheim eingerichtet. Neue Baugebiete werden rasch besiedelt. Die ab 1982 anlaufende Dorferneuerung verändert das Gesicht des Dorfes: Aus der alten Schule wird ein Gemeinschaftshaus, Ortsdurchfahrt und Innerortsstraßen werden ausgebaut. Sanierte Gebäude, passende Tore und Einfriedungen, alte und neue Dorfbrunnen, der Dorfplatz, ein neues Feuerwehrgerätehaus, das sehr aktive Vereinsleben, Kleinwenkheim ist ein moderner Ort mit reicher Vergangenheit.