Das Dorf Kösen war bis 1860 verwaltungsmäßig und kirchlich der Gemeinde Pforta unterstellt, besaß also weder eine Kirche noch einen eigenen Pfarrer. Nur zweimal jährlich fand in Kösen ein Freiluftgottesdienst in der „Buchenhalle“ im Wald etwa oberhalb des heutigen Tennisplatzes statt (von dem Maler Adolph Menzel 1868 in seinem berühmten Gemälde „Missionsgottesdienst in der Buchenhalle bei Kösen“ festgehalten).
Ansonsten mussten die Kösener Einwohner und zunehmend auch Kur- und Badegäste jeden Sonntag den langen Weg zur Klosterkirche in Pforta auf sich nehmen, um den Got-tesdienst besuchen zu können. Dies war vor allem Letzteren oft zu beschwerlich. Sie gründeten einen Kirchenbaufonds und sammelten Spenden für eine eigene Kirche.

Am 5. Mai 1860 wurde der Abtrennung der Gemeinde Kösen mit Fränkenau, Kukulau und den Saalhäusern von der Muttergemeinde Pforta zugestimmt und der Zimmereischuppen der ehemaligen Saline diente von da an als „Betsaal“. Von Pforta erhielt sie eine kleine Glocke, die ehemalige Schulglocke „Hosianna“, die bis 1873 die Gläubigen zum Gottesdienst rief, und als Pfarrhaus überließ man der Gemeinde das Wohnhaus des ehemaligen Salinenbuchhalters. Erster Pfarrer wurde der bisherige Hilfspfarrer Wilhelm Barthold, dessen wichtigstes Anliegen neben der Gemeindearbeit der Bau einer eigenen Kirche war.

Schon 1855 hatte es konkrete Pläne für einen Kirchenbau an der Stelle der heutigen Bergschule gegeben. Sie wurden jedoch wegen des schlechten Standortes abgelehnt. Erst am 19. September 1892 konnte der erste Spatenstich für das neugotische Gotteshaus erfolgen. Zwei Jahre später, zum Erntedankfest am 30. September 1894, wurde die Kirche dann eingeweiht und erhielt den Namen des Reformators Martin Luther.

In den Jahren 1951/52 wurde die Lutherkirche innen modernisiert und umgestaltet und die alten Wandmalereien weiß übertüncht. 1959 wurden dann die drei Bronzeglocken mit den Tönen „Gis“, „H“ und „Cis“ aufgezogen, die uns noch heute jeden Sonntag zum Gottesdienst rufen. (Ihre wechselnden Vorgängerinnen waren für die beiden Weltkriege eingeschmolzen worden waren – ein Schicksal, das damals viele Kirchenglocken mit ihnen teilen mussten.)

Was jedoch die Bausubstanz der Lutherkirche betraf, lag einiges im Argen. Ziegel fielen herunter, das Dach wurde undicht und Regenwasser konnte eindringen. Der Verfall der Kirche schritt immer weiter fort. In den 1970-er Jahren konnte dann zwar das Dach gedeckt werden, für den 55 Meter hohen Turm aber war kein Gerüst zu bekommen. Erst als dieser Mitte der 1980-er Jahre einzustürzen drohte und die Bochumer Partnergemeinde ein Stahlrohr-Baugerüst spendete, war es möglich, den Kirchturm der Lutherkirche neu einzudecken.

Nach dem politischen Umbruch, Ende der 1980-er und während der 1990-er Jahre, konnten endlich auch die dringend nötigen Bauaufgaben innerhalb der Kirche angegangen werden.
Der Kirchenraum wurde renoviert, wobei u.a. der Spruch über dem Altarbogen geändert wurde,
die bleiverglasten bemalten Fenster (PDF)  mit Personen und Darstellungen aus dem Neuen Testament wurden restauriert, und dank großzügiger Unterstützung der Partnergemeinde konnte unter der Orgelempore eine Winterkirche mit Fußbodenheizung eingebaut werden.
Zwischen 1996 und 1997 erfolgte dann endlich auch die lang ersehnte Restaurierung der noch original erhaltenen romantischen Rühlmann-Orgel von 1894, sodass sie heute wieder in fast neuem Glanz erstrahlt und die Zuhörer mit ihrem Klang beeindruckt.