Die zentral gelegene spätgotische Kirche war auch Universitätskirche, von 1501 bis 1505 besuchte der in Erfurt studierende Martin Luther regelmäßig die Messen in St. Michael. Heute ist sie eine der ältesten Pfarrkirchen der Stadt. Sie wird von der Evangelischen Stadtmission betreut und ist wegen ihrer Compenius-Orgel von 1652 weit über Thüringen hinaus bekannt. Direktor der Ratsmusik und Organist der Michaeliskirche war Johann Egidius Bach. Das ganze Jahr über gastieren hier Organisten aus aller Welt in regelmäßig stattfindenden Konzerten.