Mit der Gründung der Erfurter Universität, deren Hauptgebäude, das Collegium Maius, direkt gegenüber der Kirche errichtet worden war, wurde die Michaeliskirche (1278–1290) im Jahr 1392 Universitätskirche. Von 1501 bis 1505 nahm der in Erfurt studierende Martin Luther regelmäßig an den Messen in der Michaeliskirche teil. Luther selbst predigte am 21. Oktober 1522 in der Michaeliskirche. Die Michaeliskirche besitzt drei Glocken, die von Hand geläutet werden, und mit der „Katharina“ die älteste Glocke Erfurts.

Konzerte im Michaeliskirchhof (Anfang Juni bis Ende August) und musikalischen Vespern (Anfang September bis Ende Mai, samstags um 17 Uhr) sowie Konzerte im Kirchenraum erfreuen sich großer Beliebtheit. In der Michaeliskirche können regelmäßig verschiedene Ausstellungen besucht werden.