Der Patron der Kirche ist Thomas Becket von Canterbury, der 1170 in seiner Kathedrale ermordet und bereits 1173 heilig gesprochen wurde. Die romanische Kreuzbasilika wurde 1188 in einer Urkunde Kaiser Friedrichs I. Barbarossa erwähnt. Dem Merseburger Bischof Eberhard werden darin Marktprivilegien auf dem Neumarkt zugesagt. Die Neumarktkirche war ursprünglich eine kreuzförmige dreischiffige Basilika ohne ausgeschiedene Vierung mit zwei Westtürmen. Im Laufe der Jahrhunderte wurden der südliche Turm und beide Seitenschiffe abgerissen. Das ständige Hochwasser der Saale führte dazu, dass man das Erdreich um die Kirche hat anwachsen lassen, so dass auch im Inneren der Fußboden mehrfach angehoben wurde, was auch die Verlegung der Portale notwendig machte.  Die Kirche hatte eine barocke Ausstattung. Altar und Kruzifix befinden sich zurzeit in der Stadtkirche und ein Taufengel im Kulturhistorischen Museum Schloss Merseburg. Der Taufstein, der wohl aus der Zeit der Ersterwähnung stammen dürfte, steht seit 1831 in der Vorhalle des Domes. Bemerkenswert ist auch das schöne romanische Stufenportal mit der im mitteldeutschen Raum einmaligen Knotensäule, die wohl den Teufel von der Kirchentür fernhalten sollte.  1973 wurde die Kirche von der Gemeinde aufgegeben und verfiel zusehends. Von 1991-1995 wurde die Kirche umfassend saniert, das südliche Seitenschiff , ein Turmstumpf und die Sakristei neu aufgebaut. Im Innern wurde die Kirche bis zum Grund von 1188 ausgegraben, wodurch der ursprüngliche Raumeindruck wieder hergestellt wurde. Auch das Fundament des im Dom befindlichen Sandsteintaufsteins wurde dabei entdeckt.
Seit 1995 steht an der Südwand des Querschiffes ein Mahnmal gegen Gewalt „Rote Wand oder Triumph der Ideologie“ von Klaus Friedrich und Gabriele Messerschmidt. Von der Künstlerin stammen des Weiteren ein Triumphkreuz und eine Skulptur zum Gedächtnis an Thomas Becket.