St. Kilian wurde 1187 erstmals als Kapelle zu Erla, die zum Kloster Veßra gehörte, urkundlich erwähnt. Sie befand sich beim Dorf Raasen, am Breitenbach gelegen, und entwickelte sich zu einem Kirchhügel mit Chorturmkirche, Pfarrhaus, Spital und weiteren Nebengebäuden sowie mit einem Friedhof. Bis 1815 gehörte der Ort zum hennebergischen bzw. kursächsischen Amt Schleusingen und gelangte dann an den Kreis Schleusingen der neugebildeten preußischen Provinz Sachsen, bei dem er bis 1945 verblieb. Im Jahre 1929 wurde der Gutsbezirk St. Kilian in das Dorf eingemeindet. Dabei erhielt die Landgemeinde Raasen den neuen Namen St. Kilian.

Am 3. Oktober 1991 wurde St. Kilian in die Gemeinde St. Kilian eingegliedert. Diese wurde am 6. Juli 2018 nach Schleusingen eingemeindet.

St. Kilian hat heute ca. 210 Einwohner, ist attraktiver Wohnstandort, sowie Gewerbestandort für kleinere Gewerbe.