Nach dem Weggang der Kapuziner wurde 1864 das Augustinerkloster in Germershausen gegründet. Zum Kloster gehört eine Kapelle und ein Klostergarten. Neben der Betreuung der Wallfahrt in Germershausen sollte die schulische Erziehung der Kinder im nördlichen Eichsfeld gefördert werden. Nachdem ab 1888 erste Schüler aufgenommen wurden, erfolgte 1905 die Gründung der Klosterschule. Wegen der Zunahme der Schülerzahl erfolgte 1929 eine Erweiterung der Klosterschule. 1970 wurde die Klosterschule geschlossen. Im Klostergarten wurde 1995 ein Neubau für das Kloster errichtet. 2019 verließen die letzten Augustiner Germershausen und das Kloster wurde aufgegeben. Die weitere Nutzung der Klostergebäude ist noch offen. Zum 1. Dezember 2021 erfolgte die Profanierung der Hauskapelle der Bildungsstätte St. Martin.