In der Altstadt erstreckt sich zwischen Linsen- und Ratsstraße der Kornmarkt. Er wird von der ehemaligen Klosterkirche der Franziskaner beherrscht, deren Kloster sich einst nördlich bis zur Schwemmnotte erstreckte. Das Areal zwischen Felchtaer Straße und Walstraße war bis zum Bau des Klosters und des Rathauses im 13. Jahrhundert unbebaut. Der heutige Kornmarkt wurde zum Friedhof für diejenigen Mühlhäuser, die sich vom Bettelorden der Franziskaner seelsorgerisch besser betreut fühlten als von den Pfarrern des Deutschen Ordens. Die Mönche wurden im Klosterkreuzgang nördlich der Kirche bestattet.

Nach der Durchsetzung der Reformation 1566 diente der Friedhof bis zu seiner Aufhebung 1584 den verbliebenen Katholiken der Stadt. Danach wurde dort Korn gehandelt, was namengebend wurde. Mit der Annexion der Reichsstadt 1802 durch Preußen wurde die Stadtwaage in der Kirche untergebracht und später im Schiff Kornböden und im Chor Wohnungen eingebaut. Zwei Hotels und eine Buchhandlung prägten vom 19. bis zum 20. Jahrhundert den Kornmarkt. Im Vorfeld des 450. Jahrestages des Bauernkrieges 1975 wurde die Kirche saniert und ein Bauernkriegsmuseum in ihr untergebracht, was zu einer Aufwertung des Platzes führte. Zum 500. Geburtstag Thomas Müntzers 1989 wurde der Kornmarkt neu gestaltet, wobei die Basis der Kirchenportale freigelegt wurde. Anfang der 1990er-Jahren wurde das Fachwerkgebäude der ehemaligen Löwen-Apotheke auf der Südseite des Platzes saniert und dient seither als Brauereigasthof, was zur Belebung des Kornmarkts wesentlich beiträgt.