Gegenüber der Allerheiligenkirche wurde 1289 mit dem Bau der Dominikanerkirche begonnen, die neben der Marienkirche und der Divi-Blasii-Kirche zu den größten Mühlhäuser Kirchen gehörte. Die 1348 geweihte Peter und Paul Kirche war eine dreischiffige Hallenkirche von 11 Jochen Länge. Nach Aufhebung des Klosters im Jahre 1542 wurde 1583 mit dem Abbruch der Klosteranlage begonnen. Nach einem Brand der Kirche im Jahre 1689 wurde auch diese schrittweise bis auf wenige noch erhaltene Reste abgetragen. Diese Mauerreste sind heute noch am unteren Steinweg zu sehen.