Nach archäologischen Befunden reicht die Geschichte der 1296 erstmals erwähnten Jakobikirche bis ins späte 11. Jahrhundert zurück. Erweiterungen vom Beginn des 12. Jahrhunderts bis 1735 ließen den heutigen Bau mit markanter Doppelturmfassade und eindrucksvollem Chor entstehen. Am Nordportal hat sich originaler Figurenschmuck – so Kaiser Heinrich VII. – erhalten. Vor dem völligen Verfall in letzter Minute gerettet, beherbergt die grundhaft sanierte Jakobikirche seit 2004 die Stadtbibliothek Mühlhausen.