1872 wurde der neue jüdische Friedhof eingeweiht. Von dem seit mittelalterlicher Zeit belegten Bestattungsplatz An der Burg wurden zwölf wertvolle Grabmale hierher umgesetzt. Nach der Vernichtung während der NS-Diktatur hat sich in Mühlhausen keine Gemeinde dauerhaft wiederbegründen können. Der jüdische Friedhof war lange nahezu vergessen. Erst nach der politischen Wende wurde er wiederhergerichtet. An jedem 9. November findet sich hier die Mühlhäuser Bürgerschaft zusammen, um der Opfer der Pogromnacht zu gedenken.