1293 wurde das Dominikanerinnen-Nonnenkloster St. Maria Magdalena als Stiftung der Weidaer Vögte erstmals erwähnt, wahrscheinlich aber schon Mitte des 13. Jh. gegründet.

Der ursprünglich romanische Kirchenbau wurde aus Bruchsteinen gemauert und erhielt 1411 gotische Spitzbogenfenster. Nach der Reformation wurde das Kloster aufgelöst und das Gebäude 1560/1 zum größten Teil abgerissen. Das Amt Weida benutzte ab 1542 die leer stehende Kirche als Schütthaus und lagerte hier das Amtsgetreide. Aus dieser Zeit stammt der heutige Name „Kornhaus“.

In der Mitte des 19. Jahrhunderts wurde das Gebäude zum Wohn- und Geschäftshaus umgebaut. Einige Jahre befanden sich hier eine Weinhandlung und ein Wirtshaus.

Nach dem Ersten Weltkrieg erwarb die Stadt Weida das Gebäude und richtete darin Sozialwohnungen ein, die teilweise bis 1980 genutzt wurden. 1992 stürzte bei einem Sturm ein großer Teil des Dachstuhls ein. Danach wurden die freistehenden Giebel des denkmalgeschützten Kornhauses gesichert.