In der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts entstand eine kleine Kapelle in der Nähe des 1267 erstmals erwähnten Klosters der Franziskanermönche.

Um 1350 begann der Bau der frühgotischen Kirche. Nach der Reformation wurde sie zur einzigen Stadt- und Pfarrkirche Weidas erhoben. 1633 durch Brand zerstört, wurde die Stadtkirche 1644 mithilfe von Spenden des schwedischen Heeres wieder aufgebaut. 1833 erfolgte eine vollständige Renovierung. 1990 wurde das Tragwerk des Dachstuhls erneuert. Sehenswert im Inneren sind u. a. die Buntglasfenster. Als Kirche ohne Geläute gehört „Sankt Marien“ zu den Wahrzeichen Weidas. Eine Gedenktafel vor der Kirche erinnert an Herzog Moritz Wilhelm von Sachsen-Weida, der unter dem Altar in der ehemaligen Fürstengruft begraben wurde.